Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

Lien vers cette vue comparative

vm_galaxy [2017/03/10 15:50] (Version actuelle)
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 +===== VM XXX : =====
 +
 +  * outils de base de galaxy (manipulation de texte, de tableur...)  ​
 +  * outils d'​alignement : BWA, bowtie
 +  * assembleur : velvet
 +  * contrôle qualité sur les fastq : fastqc
 +  * trimming des reads : cutadapt, trimmomatic
 +  * filtrage de reads : prinseq
 +  * contrôle qualité après alignement : samtools flagstat, plotCoverage
 +  * contrôle qualité après assemblage : quast
 +  * Manipulation Sam/Bam : picard / MarkDuplicate,​ sam-to-bam, bam-to-sam
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