Réseau métier des Ingénieur.e.s en Bioinformatique de Lille
- Contacts : Olivier Sand & Pierre Pericard
Le réseau métier ingés animé par Bilille représente la communauté des ingénieur.e.s bioinformaticien.ne.s dans les différents laboratoires. Le but est l’échange et le partage de connaissances sur les méthodes, les outils et les ressources en bioinformatique dans un esprit de convivialité.
Nous organisons :
- des cafés bioinfo, pour partager des informations et des retours d'expérience, autour d'un verre ou d'un petit plat. Ces réunions sont aussi l'occasion de proposer des thèmes que vous souhaitez voir abordés ou développés au travers de séminaires/ateliers/tutoriels;
- des séminaires techniques et des tutoriels sur les thèmes que vous avez proposés.
- le “Coin Techno”, des moments d’échanges techniques et technologiques autour d’une thématique donnée.
Le réseau fonctionne avecune liste de diffusion:bilille-reseau-inge@univ-lille.fr. Si vous souhaitez y être abonné.e à la liste de diffusion, merci de vous adresser à Olivier ou Pierre (voir ci-dessus).
Profils des participants
84 participants sont inscrits sur la liste de diffusion. La plupart ont un profil d'« utilisateur expert » d'outils bioinfo et développent des scripts permettant d'utiliser et d'intégrer des outils existants. Plusieurs domaines sont représentés : analyses en épidémiologie génétique, analyse de transcriptome, protéomique, génomique, analyse de données NGS.
Une enquête est en cours afin de mettre à jour le panorama des membres du réseau ingé, n'hésitez pas à y répondre si ce n'est pas encore fait : Accès au questionnaire.
Lien au national
En 2023 un réseau métier des ingénieurs bioinformaticiens a vu le jour au niveau national (MERIT), soutenu par le CNRS (https://merit.cnrs.fr/presentation/). Ce réseau vise notamment à soutenir l'activité des réseaux métiers locaux comme celui de Lille.
Animation : Cafés bioinfo
- 23 mars 2023 au Bistrot de St So
- 3 octobre 2019 au restaurant Layalina
- 26 avril 2019 au Bistrot de St SO
- 9 novembre 2018 au Bistrot de St SO
- 13 avril 2018 au Bistrot de St SO
- 11 septembre 2017 au Bistrot de la gare Saint Sauveur
- 5 mai 2016 à l'Institut de Biologie de Lille (30 participants)
- 15 septembre 2015 au Bistrot de la gare Saint Sauveur (21 participants) ⇒ Thématiques Dégagées du sondage
Animation : Coin Techno
- 12 février 2021 (visio Zoom): utilisation des containeurs (Docker, Singularity)
- 18 novembre 2019: utilisation de conda
Animation : Séminaires & tutoriels
Les séminaires et tutoriels sont organisés par des membres du réseau. Ils sont annoncés sur les listes régionales et sur la liste sfbi.fr. Ils sont ouverts aux communautés des bio-informaticiens, biostatisticiens et biologistes, aussi bien aux ingénieurs qu’aux chercheurs, étudiants en thèse et en master.
08-12-2022 et 09-12-2022 - nf-core [Workshop]
- Workshop animé par Maxime Garcia (Seqera labs, Stockholm)
- Organisation par Sarah Guinchard, Pierre Pericard et Jimmy Vandel
- Lieu: bâtiment ESPRIT, Cité Scientifique
- Plus d'informations ici
11-03-2019 - WAVES [Formation]
- Formation assurée par Vincent Lefort et Anne-Muriel Chifolleau (Montpellier)
- Organisation par Olivier Sand
- Lieu: bâtiment M3, CRIStAL, Cité Scientifique
07-11-2018 et 08-11-2018 - Nextflow [Formation]
- Formation assurée par Paolo Di Tommaso et Evan Floden, Center for Genomic Regulation (CRG), Barcelone
- Co-organisé avec le plateau de Génomique Fonctionnelle et Structurale de l'Université de Lille par Christophe Demay
- Lieu: bâtiment M3, CRIStAL, Cité Scientifique
20-03-2018 – Utilisation du framework Nextflow pour le soin et la recherche en bioinformatique [Séminaire]
- Fabrice BONTE (CHU de Lille), Frédéric LEMOINE (Pasteur Paris), Christophe DEMAY (CHU de Lille)
- Lieu : Institut de Biologie de Lille
- Organisé par Mathieu Genete, Plateau Bio-informatique, Evo-Eco-Paléo UMR8198 - Université de Lille
14-11-2016 – Docker, BioShadock et Go-Docker [Séminaire]
- Olivier Sallou – IRISA – GenOuest
- Lieu : Institut de Biologie de Lille
- Organisé par Christophe Demay, Équipe Bio-informatique NGS, Plate-forme de Prestations Communes de Biologie Moléculaire, CHRU - Pole de Biologie Pathologie Génétique
02-06-2016 – Modéliser autrement avec OpenMole [Séminaire + Tutoriel]
- Mathieu leclaire, Romain Reuillon – ISC-PIF Institut des Systèmes Complexes, Paris, Géographie-cités CNRS UMR 8504
- Lieu : Institut de Biologie de Lille
- Organisé par Sophie Gallina Evo-Eco-Paléo UMR8198
05-06-2015 – Séquençage de type RAD-seq, présentation et traitement analytique [Séminaire + Tutoriel]
- Yvan Le Bras(1), Anthony Bretaudeau (1,2), Cyril Monjeaud (1) – (1) Plateforme GenOuest & CNRS UMR 6074 IRISA-INRIA, Rennes, (2) INRA, UMR IGEPP & Plateforme BIPAA , Rennes
- Lieu : Université de Lille1
- Organisé par Sophie Gallina Evo-Eco-Paléo UMR8198
- Documents : Présentation, TP
07-11-2013 – Workshop CLC dédié à l'analyse des données NGS [Séminaire + tutoriel]
- Anais Guebey – CLC bio, www.clcbio.com
- Lieu : Institut de Biologie de Lille
- Organisé par Sophie Gallina, GEPV
15-10-2013 – Assemblage de-novo de transcriptome - Trinity [Séminaire + tutoriel]
- Erwan Corre - Plate-forme AbiMS, Station Biologique de Roscoff
- Gildas Le Corguillé - Université Pierre & Marie Curie
- Lieu : Institut de Biologie de Lille
- Organisé par Sophie Gallina, GEPV
25-06-2013 – Analyse de données issues de ChIP-seq: comment passer des "reads" aux motifs de fixation pour des facteurs de transcription
- Morgane Thomas-Chollier - Ecole Normale Supérieure, IBENS
- Lieu : Institut de Biologie de Lille
- Organisé par Olivier Sand UMR8199
17-06-2013 – Cytoscape 3.0: The evolution of an open-source network visualization tool and its new architecture
- Oriol Guitart-Pla - Institut Pasteur, Paris
- Lieu : Institut de Biologie de Lille
- Organisé par Guillaume Brysbaert - IRI
12-12-2012 – IDB-cloud : Providing Bioinformatics Services on Cloud [Séminaire + tutoriel]
- Christophe Blanchet - Infrastructure Distribuée pour la Biologie – CNRS-IBCP FR3302 – Lyon
- Lieu : Institut de Biologie de Lille + CRI
- Organisé par Sophie Gallina, GEPV
22-05-2013 – SVDetect: a tool to identify genomic structural variations from paired-end and mate-pair sequencing data
- Bruno Zeitouni - Institut Curie - Inserm U900 – Mines ParisTech
- Lieu : Institut de Biologie de Lille + CRI
- Organisé par Sophie Gallina, GEPV
12-12-2012 – Alignement de lectures, la spécificité d'abord
- Dr Mikael Salson – LIFL Equipe Bonsai – Université Lille1
- Lieu : Institut de Biologie de Lille
- Organisé par Sophie Gallina, GEPV
28-11-2012 – Comment diversifier les données de séquençage à haut débit pour optimiser la bioinformatique ? Les stratégies hybrides PacBio & Roche 454/Illumina HiSEq
- Dr Christophe Meynier et Sabrina Benoussaidh - GATC Biotech France & Belgique
- Lieu : Institut de Biologie de Lille
- Organisé par Sophie Gallina, GEPV
26-06-2012 – Galaxy: un environnement d'analyses bioinformatiques
- Olivier Inizan & Yufei Luo - URGI INRA - URGI / BIOGER Versailles-Grignon - http://urgi.versailles.inra.fr/
- Lieu : Institut de Biologie de Lille
- Organisé par Sophie Gallina, GEPV
14-05-2012 – GMOD
- Le projet GMOD : une collection d'outils génériques pour le stockage et la visualisation de données biologiques
- Olivier Arnaiz - CGM Centre de Génétique Moléculaire UPR 3404 Gif-sur-Yvette - http://www.cgm.cnrs-gif.fr/
- Genome annotation : URGI pipelines and manual annotation system
- Joelle Amselem - INRA - URGI BIOGER Versailles - http://urgi.versailles.inra.fr/
- Lieu : Institut de Biologie de Lille
- Organisé par Sophie Gallina, GEPV
10-06-2011 – Puces d'expression
- Présentation des puces à ADN, de l'intérêt de la normalisation des données, des biais obtenus
- David Hot - Institut Pasteur de Lille
- Présentation de Bioconductor et de son utilisation sur les puces à ADN - retours d'utilisation
- Guillemette MAROT - INRIA
- Lieu : INRIA Lille
- Organisé par Louise Ott
9-06-2011 - Assemblage, R
- Assemblage de novo
- Rayan Chikhi - IRISA Renne
- Sustainable R package development using documentation generation
- Collaborative statistical software development using R-Forge
- Toby Hocking - INRIA Paris
- Lieu : Institut Pasteur Lille
- Organisé par Cécile Lecœur, CNRS UMR 8199
13-05-2011 - An overview of the Cytoscape software platform for network biology
- Pr Benno Schwikowski - Systems Biology Lab, Institut Pasteur, Paris
- Lieu : Institut de Biologie de Lille
- Organisé par Frédéric Leprêtre, IRCL Lille