Formations passées


Cytoscape pour la visualisation et l’analyse de réseaux biologiques

Cytoscape est un logiciel de visualisation et d’analyses de réseaux, spécialement adapté aux réseaux biologiques: réseaux d’interaction de protéines, réseaux de régulation, pathways… Cette formation a pour but d’initier à l'utilisation de Cytoscape, de la création d’un réseau à ses différentes analyses et visualisations.

  • Fiche descriptive:PDF
  • Lieu: Université de Lille

Cette formation est complète. Trois dates ont finalement été proposées: 17 et 18 octobre 2019, 5 et 6 décembre 2019, 23 et 24 janvier 2020

Documents de cours: c'est ici

Contact: Guillaume Brysbaert (mail)

Inscriptions: auprès des services de formation (voir ci-dessous). Date limite: 23 juillet 2019

Université de Lille fiche à transmettre à Jennifer Chouchaoui (mail) et Guillaume Brysbaert
Inserm → plateforme SIRENE, https://www.sirene.inserm.fr
CNRS → plateforme ARIANE, https://ariane.cnrs.fr


Cycle Analyse de données de séquençage à haut-débit (2020)

bilille propose tout au long de l'année 2020 un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.

  • Analyses ADN, 30 et 31 janvier 2020 [fiche ]
  • Analyses de variants, du 25 au 27 mars 2020 [fiche ] reporté à 2021
  • Métagénomique, du 13 au 15 mai 2020 [fiche ] reporté à 2021
  • Analyses RNA-seq, bioinformatique, 15 et 16 octobre 2020 [fiche ] reporté à 2021
  • Analyses RNA-seq, biostatistique, 16 et 17 novembre 2020 [fiche ] reporté à 2021
  • Analyses ChIP-seq, 10 et 11 décembre 2020 [fiche ] maintenu

Chaque module peut être suivi séparément, à la carte. Seul le contenu du module 1 est un pré-requis pour les modules 2, 3 et 4 et 6. Il est également possible de compléter sa formation en suivant les modules sur plusieurs années.

Les séances sur ordinateurs se dérouleront avec l'environnement Galaxy. Une formation d'une journée, le 9 janvier, sera proposée aux participants qui ne seraient pas familiers avec cet environnement web.

Documents de cours: c'est ici

Contacts: Guillaume Brysbaert et Hélène Touzet (mails)

Inscriptions: auprès des services de formation (voir ci-dessous). Date limite: 4 décembre 2019

Université de Lille fiche à transmettre à Jennifer Chouchaoui (mail) et Guillaume Brysbaert
Inserm → plateforme SIRENE, https://www.sirene.inserm.fr
CNRS → plateforme ARIANE, https://ariane.cnrs.fr


Cycle Analyse de données de séquençage à haut-débit (2019)

bilille propose tout au long de l'année 2019 un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.

  • Analyses ADN, 7 et 8 mars 2019 (fiche )
  • Analyses de variants, du 1er au 3 avril 2019 (fiche )
  • Analyses RNA-seq, bioinformatique, 13 et 14 juin 2019 (fiche )
  • Analyses RNA-seq, biostatistique, 16 et 17 septembre 2019 (fiche )
  • Métagénomique, du 20 au 22 novembre 2019 (fiche )

Chaque module peut être suivi séparément, à la carte. Il faut noter toutefois que le contenu du module 1 est un pré-requis pour les modules 2, 3 et 5.

Les séances sur ordinateurs se dérouleront avec l'environnement Galaxy. Une formation d'une journée sera proposée le 28 février 2019 aux participants qui ne seraient pas familiers avec cet environnement web.

Documents de cours: c'est ici

Contacts: Guillaume Brysbaert et Hélène Touzet (mails)

Inscription: Les inscriptions sont closes. Elles se font auprès des services de formation (voir ci-dessous).

Université de Lille → Jennifer CHOUCHAOUI, jennifer.chouchaoui[AT]univ-lille.fr
Inserm → Dorothée TERRYN, dorothee.terryn[AT]inserm.fr
CNRS → plateforme ARIANE, https://ariane.cnrs.fr

Cycle Initiation à la bioinformatique (2016-17)

bilille propose un cycle de découverte de la bioinformatique à destination des chercheurs, enseignants-chercheurs, ingénieurs, techniciens et doctorants en biologie. Aucun pré-requis en informatique n'est attendu.

Le cycle est constitué de quatre modules de deux jours, qui peuvent être suivis indépendamment, mais ont une cohérence. Suivre chaque module peut aider à une meilleure compréhension des modules suivants.

  • 7-8 septembre 2016: Banques de données et BLAST (S. Legrand) [fiche complète ]
  • 24-25 novembre 2016: Alignements de séquences (S. Caboche) [fiche complète ]
  • 16-17 février 2017: Prédiction de gènes et annotation de protéines (M. Pupin) [fiche complète ]
  • 11-12 mai 2017 ou 22-23 juin 2017: Initiation à la reconstruction phylogénétique en biologie moléculaire (C. Poux, S. Blanquart) [fiche complète ]

Documents de cours: c'est ici

Ce cycle est pris en charge par les services formations partenaires. L'inscription se fait directement auprès d'eux.

Université Lille 1 → Anne-Sophie LECLERCQ, Anne-Sophie.Grare[AT]univ-lille1.fr
Université Lille 2 → Nadia BENYAHIA, nadia.benyahia[AT]univ-lille2.fr
Inserm → Dorothée TERRYN, dorothee.terryn[AT]inserm.fr
CNRS → Pierre SILVEIRA, pierre.silveira[AT]dr18.cnrs.fr


Cycle Analyse de données de séquençage à haut-débit (2017)

bilille propose tout au long de l'année 2017 un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.

  • Analyses ADN, 2 sessions identiques, la première les 6 et 7 février 2017 et la seconde les 6 et 7 mars 2017 [fiche ]
  • Analyses RNA-seq, du 5 au 7 avril 2017 [fiche ]
  • Analyses ChIP-seq, les 12 et 13 juin 2017 [fiche ]
  • Analyses de variants, du 2 au 4 octobre 2017 [fiche ]
  • Métagénomique, du 6 au 8 décembre 2017 [fiche ]

Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy. Il est donc nécessaire d'être familier avec l'environnement web Galaxy pour s'inscrire.

Le module 1 est un pré-requis pour les modules suivants. Les modules 2, 3, 4 et 5 peuvent être suivis indépendamment.

Documents de cours: c'est ici


Cycle Initiation à la bioinformatique (2017-18)

Contacts: Guillaume Brysbaert et Sylvain Legrand (mails)

bilille propose un cycle de découverte de la bioinformatique à destination des chercheurs, enseignants-chercheurs, ingénieurs, techniciens et doctorants en biologie. Aucun pré-requis en informatique n'est attendu.

Le cycle est constitué de quatre modules de deux jours, qui peuvent être suivis indépendamment, mais ont une cohérence. Notamment, le module 1 est utile à tous les modules suivants, et le module 2 est utile au module 3 et au module 4.

  • 9-10 octobre 2017: Banques de données et utilisation de BLAST (A. Barray, fiche )
  • 16-17 novembre 2017: Alignement de séquences (S. Caboche, fiche )
  • 11-12 janvier 2018 : Prédiction de gènes et annotation de protéines (S. Legrand, fiche )
  • 17-18 mai 2018: Initiation à la reconstruction phylogénétique en biologie moléculaire (C. Poux, fiche )

Documents de cours: c'est ici

Les inscriptions sont closes. Ce cycle est pris en charge par les services formations partenaires.

Université Lille 1 → Anne-Sophie LECLERCQ, Anne-Sophie.Grare[AT]univ-lille1.fr
Université Lille 2 → Nadia BENYAHIA, nadia.benyahia[AT]univ-lille2.fr
Inserm → Dorothée TERRYN, dorothee.terryn[AT]inserm.fr
CNRS → Pierre SILVEIRA, pierre.silveira[AT]dr18.cnrs.fr

Des dates supplémentaires ont été proposées aux doctorants, dans le cadre de la formation doctorale.


Cycle Analyse de données de séquençage à haut-débit (2018)

bilille propose tout au long de l'année 2018 un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.

  • Analyses ADN, 15 et 16 mars 2018 [fiche ]
  • Analyses RNA-seq, bioinformatique, 24 et 25 mai 2018 [fiche ]
  • Analyses RNA-seq, biostatistique, 17 et 18 septembre 2018 [fiche ]
  • Analyses de variants, du 15 au 17 octobre 2018 [fiche ]
  • Métagénomique, du 5 au 7 décembre 2018 [fiche ]

Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy. Il est donc nécessaire d'être familier avec l'environnement web Galaxy, par exemple en ayant suivi la formation Initiation à Galaxy (voir ci-dessous).

Le module 1 est un pré-requis pour les modules suivants, hormis peut-être le module 3. Les modules 2 et 3 vont de pair, mais peuvent être suivis séparément. Les modules 4 et 5 peuvent être suivis indépendamment.

Documents de cours: c'est ici

Contacts: Guillaume Brysbaert et Hélène Touzet (mails)

Université de Lille → Jennifer CHOUCHAOUI, jennifer.chouchaoui[AT]univ-lille.fr
Inserm → Dorothée TERRYN, dorothee.terryn[AT]inserm.fr
CNRS → plateforme ARIANE, https://ariane.cnrs.fr


Cycle Initiation à la bioinformatique (2018-19)

bilille propose un cycle de découverte de la bioinformatique à destination des chercheurs, enseignants-chercheurs, ingénieurs, techniciens et doctorants en biologie. Aucun pré-requis en informatique n'est attendu.

Le cycle est constitué de quatre modules de deux jours, qui peuvent être suivis indépendamment, mais ont une cohérence. Notamment, le module 1 est utile à tous les modules suivants, et le module 2 est utile au module 3 et au module 4.

  • 8-9 octobre 2018 : Banques de données et BLAST (J.-P. Meneboo), fiche
  • 13-14 novembre 2018 : Alignement de séquences (S. Caboche), fiche
  • 17-18 janvier 2019 : Prédiction de gènes et annotation de protéines (S. Legrand), fiche
  • 25-26 avril 2019 : Initiation à la reconstruction phylogénétique en biologie moléculaire (C. Poux), fiche

Documents de cours: c'est ici

Contacts: Guillaume Brysbaert et Sylvain Legrand (mails)

Université de Lille → Jennifer CHOUCHAOUI, jennifer.chouchaoui[AT]univ-lille.fr
Inserm → Dorothée TERRYN, dorothee.terryn[AT]inserm.fr
CNRS → Pierre SILVEIRA, pierre.silveira[AT]dr18.cnrs.fr

[ retour à la page principale des formations ]