Formations

Bilille propose de manière annuelle plusieurs modules de formation:

  • Analyse de données séquençage à haut débit (séquençage ADN, RNA-seq, Variants, Métagénomique, ChIP-seq)
  • Initiation à la bioinformatique (banques de données, blast, annotation, alignement, phylogénie)
  • Cystoscape
  • Galaxy

Nous pouvons également organiser des formations à la carte (bilille@univ-lille.fr).


Cycle Analyse de données de séquençage à haut-débit (2020)

bilille propose tout au long de l'année 2020 un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.

  • Analyses ADN, 30 et 31 janvier 2020 [fiche ]
  • Analyses de variants, du 25 au 27 mars 2020 [fiche ] reporté à 2021
  • Métagénomique, du 13 au 15 mai 2020 [fiche ] reporté à 2021
  • Analyses RNA-seq, bioinformatique, 15 et 16 octobre 2020 [fiche ] reporté à 2021
  • Analyses RNA-seq, biostatistique, 16 et 17 novembre 2020 [fiche ] reporté à 2021
  • Analyses ChIP-seq, 10 et 11 décembre 2020 [fiche ] maintenu

Chaque module peut être suivi séparément, à la carte. Seul le contenu du module 1 est un pré-requis pour les modules 2, 3 et 4 et 6. Il est également possible de compléter sa formation en suivant les modules sur plusieurs années.

Les séances sur ordinateurs se dérouleront avec l'environnement Galaxy. Une formation d'une journée, le 9 janvier, sera proposée aux participants qui ne seraient pas familiers avec cet environnement web.

Documents de cours: c'est ici

Contacts: Guillaume Brysbaert et Hélène Touzet (mails)

Inscriptions: auprès des services de formation (voir ci-dessous). Date limite: 4 décembre 2019

Université de Lille fiche à transmettre à Jennifer Chouchaoui (mail) et Guillaume Brysbaert
Inserm → plateforme SIRENE, https://www.sirene.inserm.fr
CNRS → plateforme ARIANE, https://ariane.cnrs.fr


Cycle Initiation à la Bioinformatique (2019-2020)

bilille propose en partenariat avec le collège doctoral un cycle de découverte de la bioinformatique ouvert aux doctorants. Ce cycle est constitué de trois modules:

  • 18-20 décembre 2019: Banques de données, BLAST, annotation de gènes
  • 11-12 février 2020: Alignements de séquences
  • 4-5 mai 2020: Phylogénie (nouveauté 2020) reporté

Les inscriptions se font par le collège doctoral.

Documents de cours: c'est ici

Contact: Sylvain Legrand (mail)

Les deux premiers modules de ce cycle sont également proposés au catalogue de CNRS Formations pour les chercheurs, enseignants-chercheurs, ingénieurs, techniciens en biologie et médecine (nouveauté 2020). Aucun pré-requis en informatique n'est attendu. Ces formations sont nationales et se tiendront à l'Université de Lille.

  • Analyse bioinformatique des séquences nucléiques et protéiques, du mercredi 18/11/2020 au vendredi 20/11/2020 ou du mercredi 16/06/2021 au vendredi 18/06/2021 informations et inscriptions
  • Alignement et comparaison de séquences nucléiques et protéiques, du jeudi 17/09/2020 au vendredi 18/09/2020 ou du jeudi 23/09/2021 au vendredi 24/09/2021 informations et inscriptions

Contact: Hélène Touzet (mail)


Cytoscape pour la visualisation et l’analyse de réseaux biologiques

Cytoscape est un logiciel de visualisation et d’analyses de réseaux, spécialement adapté aux réseaux biologiques: réseaux d’interaction de protéines, réseaux de régulation, pathways… Cette formation a pour but d’initier à l'utilisation de Cytoscape, de la création d’un réseau à ses différentes analyses et visualisations.

  • Fiche descriptive:PDF
  • Lieu: Université de Lille

Cette formation est complète. Trois dates ont finalement été proposées: 17 et 18 octobre 2019, 5 et 6 décembre 2019, 23 et 24 janvier 2020

Documents de cours: c'est ici

Contact: Guillaume Brysbaert (mail)

Inscriptions: auprès des services de formation (voir ci-dessous). Date limite: 23 juillet 2019

Université de Lille fiche à transmettre à Jennifer Chouchaoui (mail) et Guillaume Brysbaert
Inserm → plateforme SIRENE, https://www.sirene.inserm.fr
CNRS → plateforme ARIANE, https://ariane.cnrs.fr


Galaxy

bilille organise régulièrement des formations d'initiation à l'outil Galaxy d'une journée, destinée aux biologistes et médecins désirant découvrir le traitement bioinformatique de données via une interface conviviale.

Galaxy est très répandu pour l’analyse de données omiques, telles que données de séquençage ou données de puces à ADN. Galaxy est disponible sur le cloud bilille et c'est l'environnement qui sera utilisé lors du cycle de formation “Analyse de données de séquençage à haut-débit”. En savoir plus sur Galaxy

Prochaine date: à prévoir

Programme de la formation: PDF

Intervenants: Samuel Blanck (bilille), Loïc Couderc (bilille), Isabelle Guigon (bilille), Pierre Pericard (bilille), Gaël Even (Gènes Diffusion)

Documents: transparents introduction à Galaxy, transparents analyse différentielle, TP manipulation de fichiers, TP analyse différentielle

Contacts: Samuel Blanck, Isabelle Guigon (mails)

Dates passées: mardi 8 novembre 2016, mercredi 23 novembre 2016, mardi 29 novembre 2016, mercredi 1er février 2017, mardi 28 février 2017, mardi 20 février 2018, jeudi 28 février 2019, jeudi 21 mars 2019, jeudi 9 janvier 2020


Formations passées

Contact général pour la formation

Si vous avez la moindre question concernant le programme de formations de bilille, vous pouvez contacter bilille@univ-lille.fr.