Formations

Formation Initiation à Galaxy

bilille organise régulièrement des formations d'initiation à l'outil Galaxy d'une journée, destinée aux biologistes et médecins désirant découvrir le traitement bioinformatique de données via une interface conviviale.

Galaxy est très répandu pour l’analyse de données omiques, telles que données de séquençage ou données de puces à ADN. Galaxy est disponible sur le cloud bilille et c'est l'environnement qui sera utilisé lors du cycle de formation “Analyse de données de séquençage à haut-débit”. En savoir plus sur Galaxy

Prochaine date: jeudi 21 mars 2019 (date limite 10 mars),formulaire d'inscription

Programme de la formation: PDF

Intervenants: Samuel Blanck (bilille), Loïc Couderc (bilille), Isabelle Guigon (bilille), Pierre Pericard (bilille), Gaël Even (Gènes Diffusion)

Documents: transparents introduction à Galaxy, transparents analyse différentielle, TP manipulation de fichiers, TP analyse différentielle

Contacts: Samuel Blanck, Isabelle Guigon (mails)

Dates passées: mardi 8 novembre 2016, mercredi 23 novembre 2016, mardi 29 novembre 2016, mercredi 1er février 2017, mardi 28 février 2017, mardi 20 février 2018, jeudi 28 février 2019


Cycle Analyse de données de séquençage à haut-débit (2019)

bilille propose tout au long de l'année 2019 un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.

  • Analyses ADN, 7 et 8 mars 2019 (fiche )
  • Analyses de variants, du 1er au 3 avril 2019 (fiche )
  • Analyses RNA-seq, bioinformatique, 13 et 14 juin 2019 (fiche )
  • Analyses RNA-seq, biostatistique, 16 et 17 septembre 2019 (fiche )
  • Métagénomique, du 20 au 22 novembre 2019 (fiche )

Chaque module peut être suivi séparément, à la carte. Il faut noter toutefois que le contenu du module 1 est un pré-requis pour les modules 2, 3 et 5.

Les séances sur ordinateurs se dérouleront avec l'environnement Galaxy. Une formation d'une journée sera proposée le 28 février 2019 aux participants qui ne seraient pas familiers avec cet environnement web.

Documents de cours: c'est ici

Contacts: Guillaume Brysbaert et Hélène Touzet (mails)

Inscription: Les inscriptions sont closes. Elles se font auprès des services de formation (voir ci-dessous).

Université de Lille → Jennifer CHOUCHAOUI, jennifer.chouchaoui[AT]univ-lille.fr
Inserm → Dorothée TERRYN, dorothee.terryn[AT]inserm.fr
CNRS → plateforme ARIANE, https://ariane.cnrs.fr


Cycle Initiation à la bioinformatique (2018-19)

bilille propose un cycle de découverte de la bioinformatique à destination des chercheurs, enseignants-chercheurs, ingénieurs, techniciens et doctorants en biologie. Aucun pré-requis en informatique n'est attendu.

Le cycle est constitué de quatre modules de deux jours, qui peuvent être suivis indépendamment, mais ont une cohérence. Notamment, le module 1 est utile à tous les modules suivants, et le module 2 est utile au module 3 et au module 4.

  • 8-9 octobre 2018 : Banques de données et BLAST (J.-P. Meneboo), fiche
  • 13-14 novembre 2018 : Alignement de séquences (S. Caboche), fiche
  • 17-18 janvier 2019 : Prédiction de gènes et annotation de protéines (S. Legrand), fiche
  • 25-26 avril 2019 : Initiation à la reconstruction phylogénétique en biologie moléculaire (C. Poux), fiche

Documents de cours: c'est ici

Contacts: Guillaume Brysbaert et Sylvain Legrand (mails)

Université de Lille → Jennifer CHOUCHAOUI, jennifer.chouchaoui[AT]univ-lille.fr
Inserm → Dorothée TERRYN, dorothee.terryn[AT]inserm.fr
CNRS → Pierre SILVEIRA, pierre.silveira[AT]dr18.cnrs.fr


Formations passées

Contact général pour la formation

Si vous avez la moindre question concernant le programme de formations de la plateforme, des suggestions, n'hésitez à contacter bilille@univ-lille.fr.