Formations

Bilille propose de manière annuelle plusieurs modules de formation:

  • Analyse de données séquençage à haut débit (séquençage ADN, RNA-seq, Variants, Métagénomique, ChIP-seq)
  • Initiation à la bioinformatique (banques de données, blast, annotation, alignement, phylogénie)
  • Cystoscape
  • Galaxy

Nous pouvons également organiser des formations à la carte (bilille@univ-lille.fr).

[ formations passées ]


Cycle Analyse de données de séquençage à haut-débit (2021)

bilille propose tout au long de l'année 2021 un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.

  • Analyses ADN, 17 et 18 février 2021 (2 jours) [fiche ]
  • Analyses de variants, du 24 au 26 mars 2021 (2,5 jours) [fiche ]
  • Métagénomique, du 26 au 28 mai 2021 (3 jours) [fiche ]
  • Analyses ChIP-seq, 24 et 25 juin 2021 (2 jours) [fiche ]
  • Analyses RNA-seq, bioinformatique, 16 et 17 septembre 2021 (2 jours) [fiche ]
  • Analyses RNA-seq, biostatistique, 23 et 24 septembre 2021 (1,5 jour) [fiche ]

Chaque module peut être suivi séparément, à la carte. Seul le contenu du module 1 est un pré-requis pour les modules 2, 3, 4 et 5. Il est également possible de compléter sa formation en suivant les modules sur plusieurs années.

Les séances sur ordinateurs se dérouleront avec l'environnement Galaxy. Une formation d'une journée, sera proposée le 29 janvier aux participants et participantes qui ne seraient pas familiers avec cet environnement web.

Documents de cours: c'est ici

Contact: Pierre Pericard (mail)

Inscriptions: auprès des services de formation (voir ci-dessous). Date limite: 6 janvier 2021

Université de Lille fiche à transmettre à Jennifer Chouchaoui et Pierre Pericard (mails)
Inserm → plateforme SIRENE, https://www.sirene.inserm.fr
CNRS → plateforme ARIANE, https://ariane.cnrs.fr


Initiation à la Bioinformatique pour les doctorants 2021

bilille propose en partenariat avec le collège doctoral un cycle de découverte de la bioinformatique destiné aux étudiants de thèse. Ce cycle est constitué de trois modules:

  • Banques de données, BLAST, annotation de gènes: 11-13 janvier 2021 (S. Legrand)
  • Alignements de séquences: 15-16 février 2021 (S. Caboche)
  • Phylogénie: 15-16 mars 2021 (C. Poux)

Les inscriptions se font par le collège doctoral.

Documents de cours: c'est ici

Contact: Sylvain Legrand (mail)


Cours de Bioinformatique avec CNRS Formations

bilille propose des modules d'introduction à la bioinformatique en partenariat avec CNRS Formations pour les chercheurs, enseignants-chercheurs, ingénieurs, techniciens en biologie et médecine. Aucun pré-requis en informatique n'est attendu. Ces formations sont nationales et se tiendront à l'Université de Lille.

  • Analyse bioinformatique des séquences nucléiques et protéiques, du mercredi 16/06/2021 au vendredi 18/06/2021 informations et inscriptions
  • Alignement et comparaison de séquences nucléiques et protéiques, du jeudi 23/09/2021 au vendredi 24/09/2021 informations et inscriptions

Contact: Hélène Touzet (mail)


Galaxy

bilille organise régulièrement des formations d'initiation à l'outil Galaxy d'une journée, destinée aux biologistes et médecins désirant découvrir le traitement bioinformatique de données via une interface conviviale.

Galaxy est très répandu pour l’analyse de données omiques, telles que données de séquençage ou données de puces à ADN. Galaxy est disponible sur le cloud bilille et c'est l'environnement qui sera utilisé lors du cycle de formation “Analyse de données de séquençage à haut-débit”. En savoir plus sur Galaxy

Prochaine date: à prévoir

Programme de la formation: PDF

Intervenants: Samuel Blanck (bilille), Loïc Couderc (bilille), Isabelle Guigon (bilille), Pierre Pericard (bilille), Gaël Even (Gènes Diffusion)

Documents: transparents introduction à Galaxy, transparents analyse différentielle, TP manipulation de fichiers, TP analyse différentielle

Contacts: Samuel Blanck, Isabelle Guigon (mails)

Dates passées: mardi 8 novembre 2016, mercredi 23 novembre 2016, mardi 29 novembre 2016, mercredi 1er février 2017, mardi 28 février 2017, mardi 20 février 2018, jeudi 28 février 2019, jeudi 21 mars 2019, jeudi 9 janvier 2020, 29 janvier 2021


Formations passées

Contact général pour la formation

Si vous avez la moindre question concernant le programme de formations de bilille, vous pouvez contacter bilille@univ-lille.fr.