Formations

Bilille propose de manière annuelle plusieurs modules de formation:

  • Analyse de données séquençage à haut débit (séquençage ADN, RNA-seq, Variants, Métagénomique, ChIP-seq)
  • Initiation à la bioinformatique (banques de données, blast, annotation, alignement, phylogénie)
  • Cytoscape
  • Galaxy

Nous pouvons également organiser des formations à la carte (bilille@univ-lille.fr).

[ formations passées ]


Cours de Bioinformatique avec CNRS Formation Entreprises (2023)

La plateforme Bilille (UAR 2014 PLBS) propose des formations en partenariat avec CNRS Formation Entreprises à destination des chercheur-euse-s, enseignant-e-s-chercheur-euse-s, ingénieur-e-s, technicien-ne-s en biologie et médecine.

Aucun pré-requis en informatique n'est attendu. Ces formations sont nationales et se tiendront à l'Université de Lille.

  • Pipelines et méthodes bioinformatiques pour l'analyse de données de séquençage (NGS), du lundi 16/10/2023 au vendredi 20/10/2023, en partenariat avec l'équipe Bonsai (UMR 9189 CRIStAL) informations et inscriptions

Contact: Pierre Pericard (mail)

  • Analyse bioinformatique des séquences nucléiques et protéiques, du mercredi 21/06/2023 au vendredi 23/06/2023 informations et inscriptions

Contact: Hélène Touzet (mail)


Cycle Analyse de données de séquençage à haut-débit (2023)

Bilille et les services formation des personnels de l'Inserm, CNRS, Université de Lille vous proposent tout au long de l'année 2023 un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.

Attention, à partir de cette année les modules “Variants”, “Métagénomique” et “ChIP-seq” ne seront ouverts qu’un an sur deux:

  • Module 1: Analyses ADN, 8 et 9 Mars 2023 (2 jours) [fiche ]
  • Module 2: Analyses de variants (ouvert en 2024)
  • Module 3: Métagénomique, du 4 au 6 Avril 2023 (3 jours) [fiche ]
  • Module 4: Analyses ChIP-seq (ouvert en 2024)
  • Module 5: Analyses RNA-seq, automne 2023 [inscriptions en septembre 2023]

Chaque module peut être suivi séparément, à la carte. Seul le contenu du module 1 est un pré-requis pour les modules 2, 3, 4 et 5. Il est également possible de compléter sa formation en suivant les modules sur plusieurs années. A l'automne 2023, une journée de rattrapage aux pré-requis sera organisée en amont du module “Analyse RNA-seq” pour les personnes qui ne seraient exclusivement intéressées que par ce module de formation.

Les séances sur ordinateurs se dérouleront avec l'environnement Galaxy. Une formation d'une journée, sera proposée le 7 Mars 2023 aux participants et participantes qui ne sont pas familiers avec cet environnement web.

Documents de cours: c'est ici

Contact: Isabelle Guigon (mail)

Inscriptions: auprès des services de formation (voir ci-dessous). Date limite: 5 Décembre 2023.

Université de Lille fiche à transmettre à Jennifer Chouchaoui, Pierre Pericard et Isabelle Guigon (mails)
Inserm → plateforme SIRENE, https://www.sirene.inserm.fr
CNRS → plateforme ARIANE, https://ariane.cnrs.fr


Galaxy

bilille organise régulièrement des formations d'initiation à l'outil Galaxy d'une journée, destinée aux biologistes et médecins désirant découvrir le traitement bioinformatique de données via une interface conviviale.

Galaxy est très répandu pour l’analyse de données omiques, telles que données de séquençage ou données de puces à ADN. Galaxy est disponible sur le cloud bilille et c'est l'environnement qui sera utilisé lors du cycle de formation “Analyse de données de séquençage à haut-débit”. En savoir plus sur Galaxy

Prochaine date: 7 Mars 2023

Programme de la formation: PDF

Intervenants: Pierre Pericard (bilille), Isabelle Guigon (bilille)

Documents: présentation, TP

Contacts: Pierre Pericard, Isabelle Guigon (mails)

Dates passées: 8 novembre 2016, 23 novembre 2016, 29 novembre 2016, 1er février 2017, 28 février 2017, 20 février 2018, 28 février 2019, 21 mars 2019, 9 janvier 2020, 29 janvier 2021, 22 Février 2022


Initiation à la Bioinformatique pour les doctorants 2023

bilille propose en partenariat avec le collège doctoral un cycle de découverte de la bioinformatique destiné aux étudiants de thèse. Ce cycle est constitué de trois modules:

  • Banques de données, BLAST, annotation de gènes: 18-20 janvier 2023 (S. Legrand)
  • Alignements de séquences: 7-8 février 2023 (S. Caboche)
  • Phylogénie: 2-3 mars 2023 (C. Poux)

Les inscriptions se font par le collège doctoral.

Documents de cours: c'est ici

Contact: Sylvain Legrand (mail)


Formations passées

Contact général pour la formation

Si vous avez la moindre question concernant le programme de formations de bilille, vous pouvez contacter bilille@univ-lille.fr.