bilille - actualités passées


Innovative bioinformatics for single-cell resolution data (June 6, 2019)


Formation Galaxy (21 mars 2019)

La prochaine formation Galaxy se tiendra le 21 mars, à Cité Scientifique: voir toutes les informations


Formation WAVES (11 mars 2019)

Le réseau ingé organise un atelier de formation à l’outil WAVES le 11 mars 2019 sur le campus Cité Scientifique (salle 226 du bâtiment M3 extension).

WAVES est une application web dédiée à l’intégration d’outils bioinformatiques. Plus d'informations: http://www.atgc-montpellier.fr/waves/trainings.php

Inscription: https://www.france-bioinformatique.fr/fr/evenements/waves-training


bilille & vous 2018 (7, 10 et 13 décembre 2018)

Au programme de ce rendez-vous : bilan d'activité de la plateforme, missions et projets. Ce sera également l'occasion de vous présenter en détails l'appel à projets 2019 (voir ci-dessous)

Cette année, nous vous proposons trois dates au choix:

  • vendredi 7 décembre, de 13h à 14h sur le Campus CHRU, Pôle recherche de la faculté de médecine, amphi B
  • lundi 10 décembre, de 11h à 12h sur le Campus Pasteur, amphi IBL
  • jeudi 13 décembre, de 16h à 17h à Cité Scientifique, bâtiment M3 amphi Turing

Inscription: formulaire


Appel à projets, missions ingénieurs 2019 (date limite 20 décembre 2018)

Comme l'année dernière, la plateforme bilille met en place un “appel à projets” pour recenser auprès des chercheurs en biologie et santé de la métropole les besoins en moyens ingénieurs. Cet appel couvre la période février 2019-décembre 2019. Chaque mission peut durer de 1 à 3 mois, et doit relever du champ thématique de la plateforme: bioanalyse, bioinformatique, biostatistique. Il peut s'agir par exemple de test d'outils, d'analyse de données, de petits développements informatiques.

Ce mode de fonctionnement nous permet de mettre en place une planification raisonnée des moyens ingénieurs disponibles sur la plateforme, avec une bonne adéquation projets/profils de compétence.

formulaire, à transmettre à bilille@univ-lille.fr

Calendrier

  • 20 décembre 2018 : date limite d'envoi du formulaire
  • 10 janvier 2019: convocation aux auditions
  • 14 et 15 janvier 2019 : auditions des projets pré-sélectionnés

Pour toute question au sujet de cet appel, vous pouvez contacter un des membres du bureau de la plateforme.


Formation Nextflow (7 et 8 novembre 2018)

Analyzing data from phenotypic screening (22 octobre 2018)

DU Bioinformatique Intégrative (IFB et Univ. Paris Descartes)

L’Institut Français de Bioinformatique (IFB) ouvre cette année un Diplôme Universitaire en Bioinformatique Intégrative, qui s’adresse à des biologistes en situation professionnelle souhaitant évoluer en compétence ou de se réorienter vers la bioinformatique.

Cette formation est portée par l’Université Paris-Diderot. Elle comprend 4 semaines de cours à partir du 28 janvier et un projet individuel tutoré de 4 semaines réalisé en collaboration avec une plateforme de l'IFB sur un sujet proposé par le candidat. bilille peut vous accueillir pour le projet individuel tutoré et participer aux frais de missions pour la partie cours sur Paris.

Date limite d'inscription: 15 octobre

Pour plus de renseignements: fiche d'information


Recrutement ingénieur cloud

La plateforme bilille et Inria recherchent un.e ingénieur.e cloud pour un CDD d'une durée de 12 mois. L’objectif général de la mission est de développer et de conforter le service du cloud bilille, en mettant en place des outils pour la simplification et l’optimisation de son utilisation.

Pour plus de renseignements: fiche de poste et modalités de candidature.

Les candidatures doivent être envoyées en parallèle à la DSI de l'Université de Lille, qui héberge et administre le cloud bilille: hpc@univ-lille.fr (sujet: CDD bilille).


Cycle de formation Initiation à la bioinformatique 2108-19

Ce nouveau cycle se déroulera d'octobre 2018 à avril 2019. Il est composé de 4 module de 2 jours, et est ouvert à inscriptions jusqu'au 19 juillet. Programme et modalités d'inscription


Structural variants (15 mai 2018)

Programme et inscription: c'est ici


Workshop Jalview (28 mai 2018)

Une journée pour découvrir et apprendre à utiliser le logiciel Jalview pour la construction et la visualisation d'alignements multiples, de phylogénies et de structures : toutes les informations


Formation Initiation à Galaxy (20 février 2018)

La prochaine session d'initiation à Galaxy se tiendra le 20 février prochain sur le campus Cité Scientifique: toutes les informations (date limite 13 février). Cette session est un pré-requis au cycle Analyse de données de séquençage à haut-débit qui démarrera en mars 2018 (voir ci-dessous).


Cycle de formation Analyse de données de séquençage à haut-débit 2018 (date limite d'inscription 19 décembre 2017)

Ce cycle de formation couvre l'analyse de données de séquençage ADN, ARN, la recherche de variants et la métagénomique. Toutes les informations avec le programme détaillé et les modalités d'inscription sont ici.


Appel à projets, missions ingénieurs 2018 (date limite 9 décembre 2017)

Comme l'année dernière, la plateforme bilille met en place un “appel à projets” pour recenser auprès des chercheurs en biologie et santé de la métropole les besoins en moyens ingénieurs. Cet appel couvre la période février 2018-décembre 2018. Chaque mission peut durer de 1 à 3 mois, et doit relever du champ thématique de la plateforme: bioanalyse, bioinformatique, biostatistique. Il peut s'agir par exemple de test d'outils, d'analyse de données, de petits développements informatiques.

Ce mode de fonctionnement nous permet de mettre en place une planification raisonnée des moyens ingénieurs disponibles sur la plateforme, avec une bonne adéquation projets/profils de compétence.

formulaire, à transmettre à bilille@univ-lille.fr

Calendrier

  • 9 décembre 2017 : date limite de réponse au formulaire de l'appel à projets
  • 9 et 10 janvier 2018 : auditions des projets pré-sélectionnés

Pour toute question au sujet de cet appel, vous pouvez contacter un des membres du bureau de la plateforme.


Lundi 20 novembre: journée scientifique "Working with networks and pathways in molecular biology"

Comment visualiser, manipuler des réseaux et mener des analyses à partir de ces données ? C'est le thème de cette deuxième journée scientifique organisée par bilille en 2017 et ce sera à l'IBL: plus d'informations.


Cycle de formations Initiation à la bioinformatique

Ce nouveau cycle couvre la période octobre 2017-mai 2018 avec quatre modules: Banques de données et BLAST, Alignement de séquences, Prédiction de gènes et annotation de protéines, Initiation à la reconstruction phylogénétique en biologie moléculaire. Voir toutes les informations.

Les inscriptions sont closes. De nouvelles dates ont été proposées aux doctorants par leur ED.


31 mars 2017: Journée scientifique "Omics-driven Genome Annotation"

Une journée pour faire le tour des dernières avancées en bioinformatique et en biostatique dans le cadre de l'annotation de génomes et de gènes. Voir toutes les informations.


Février-décembre 2017: Cycle de formations "Analyses de données de séquençage à haut débit"

Ce cycle comprend 5 modules: Analyse de données de séquençage ADN, RNA-seq, ChIP-seq, analyse de variants, métagénomique. Voir toutes les informations.


10, 28 novembre, 1er décembre : Quels moyens de calcul pour mes projets en bioinformatique ?

bilille met à disposition de la communauté un cloud pour le calcul intensif, spécifiquement dimensionné pour l'analyse de données biologiques. L'objet de ces trois présentations découvertes est de vous présenter ce service, ainsi que les autres ressources, régionales ou nationales, disponibles pour la recherche académique: inscriptions et programme.


19 janvier, 26 janvier, 2 février : Formations initiation à Linux, utilisation du cloud et cluster HPC

Le CRI de l'Université Lille 1 propose cet hiver trois formations dans le but d'acquérir des compétences en utilisation de base de Linux, du cloud HPC et du cluster HPC de l'Université. Les dates sont:

  • Initiation à Linux : jeudi 19 janvier 2017 (journée entière)
  • Formation Cloud HPC : jeudi 26 janvier 2017 (après-midi)
  • Formation Cluster HPC : jeudi 2 février 2017 (après-midi)

Ces formations sont accessibles à tout scientifique académique de la région, qu'il soit informaticien ou non. Une connaissance de base de Linux, notamment de la ligne de commande, est nécessaire pour suivre les formations cloud et/ou cluster. Donc au besoin, il vous faudra suivre l'initiation à Linux avant l'une de ces deux formations.


Appel à projets 2017

Comme l'année dernière, bilille lance un appel à projets pour offrir du temps ingénieur en bioinformatique aux laboratoires et équipes de recherche de la métropole en biologie et santé. Cet appel couvre la période février 2017-décembre 2017. Chaque mission pourra durer quelques semaines.

Déposer une demande: formulaire

Calendrier

  • 5 décembre 2016: date limite de soumission d'une demande
  • 20 décembre 2016: pré-sélection des projets pour auditions
  • 18 et 20 janvier 2017 au matin: auditions des projets pré-sélectionnés
  • 26 janvier 2017: communication des résultats aux porteurs de projets

Si vous avez la moindre question concernant cet appel, n'hésitez pas à contacter un membre du bureau de bilille.

[ voir les projets acceptés en 2016 ]


15 novembre 2016: Systems Biology, modelling and formal analysis in biology

Une journée pour mieux connaître la biologie des systèmes: inscriptions et programme, Polytech'Lille, Villeneuve d'Ascq


8, 23, 29 novembre 2016: Formations initiation à Galaxy

3 sessions d'une journée chacune pour se former aux fonctionnalités courantes de Galaxy: inscriptions et programme.


14 octobre 2016: bilille & vous

Nous vous invitons à la première édition de bilille & vous.

Le but de cette rencontre est de vous présenter les activités et les services de la plateforme, et de pouvoir échanger avec vous sur vos attentes.

Nous aurons également le plaisir d'accueillir Nicolas Servant de la plateforme de bioinformatique de l'Institut Curie (www) et Christophe Malabat du HUB Bioinformatique et Biostatistique de l'Institut Pasteur (www), qui expliqueront les missions et le mode de fonctionnement de leur plateforme.

Où et quand: 14 octobre, de 10h00 à 12h00, dans l'Amphithéâtre de l'IBL (métro Lille Grand Palais, accès). La rencontre se poursuivra par un cocktail, afin de continuer la discussion autour d'un verre.

Inscription: formulaire (gratuit mais obligatoire, date limite 3 octobre)

Venez nombreux !


3 CDD ingénieurs sont disponibles sur la plateforme, à pourvoir pour septembre/octobre

Voir les profils et modalités de candidature. Date limite de candidature: 30 juin


23 juin 2016: journée thématique Métagénomique

Amphithéâtre Buttiau, Institut Pasteur de Lille: programme et inscription


14, 16 et 20 juin 2016: découverte de Galaxy

Galaxy est un plate-forme d'analyse de données biologiques facile d'utilisation et conviviale, qui est devenue une référence pour l'analyse de données de séquençage.

Trois dates sont proposées pour des mini-présentations découverte de Galaxy:

  • mardi 14 juin à 14h, Université Lille 1, laboratoire CRIStAL, bâtiment M3 extension, salle 226 (métro Cité Scientifique, accès)
  • jeudi 16 juin à 11h, Pôle recherche faculté de médecine, sous-sol, salle 4 (métro Oscar Lambert, accès)
  • lundi 20 juin à 14h, Campus Pasteur, bâtiment Emile Roux, salle Tilleul (métro Lille Grand Palais, accès)

Pour vous inscrire: formulaire 


Cycle de formations Initiation à la bioinformatique, inscriptions pour le 20 juin

bilille propose un cycle de formations (4 modules de 2 jours) de découverte de la
bioinformatique: en savoir plus


2 juin 2016: séminaire "Modéliser autrement avec OpenMole"

11h, Institut de Biologie de Lille, proposé par le réseau ingés


Avril 2016 : fin des auditions pour l'appel à projets

Voir la liste des projets acceptés.


10 mai 2016 : café bioinfo

14h, salle du conseil de l'Institut de Biologie de Lille (en savoir plus)


12 mars 2016: clôture de l'appel à projets missions ingénieurs

35 demandes ont été reçues. La sélection est en cours, avec les auditions.


Février-mars 2016: lancement de l'appel à projets pour les missions ingénieurs

Formulaire en ligne

Calendrier

  • 12 mars 2016 : date limite de réponse au formulaire de l'appel à projets
  • 30 mars 2016 : audition pour les projets pré-sélectionnés
  • 2 avril 2016 : réponse aux candidats

Si vous avez des questions concernant cet appel, si souhaitez être accompagné(e)
dans le montage, vous pouvez vous adresser à l'un des membres du bureau
de la plateforme.


Janvier 2016: le comité de direction de bilille évolue

Guillemette Marot devient la nouvelle responsable, avec Hélène Touzet et Pascal Touzet
comme responsables adjoints. billile se dote également d'un nouveau bureau.

Merci à Maude Pupin pour le travail réalisé qui a permis de mettre bilille sur
les rails !