La plateforme Bilille propose une offre de stage de M2 pour le 1er semestre 2023, autour du développement en C++ du logiciel SortMeRNA.

L'offre de stage est à télécharger ici: sujet_stage_m2_sortmerna.pdf

Les candidatures sont a faire par mail en envoyant un CV et une lettre de motivation à Pierre Pericard et Hélène Touzet.

La plateforme Bilille propose une offre de stage de M2 pour le 1er semestre 2023, pour un profil biostatisticien.

L'offre de stage est à télécharger ici: sujet_stage_m2_gsea.pdf

Les candidatures sont a faire par mail en envoyant un CV, une lettre de motivation et les relevés de notes de M1 à Guillemette Marot, Pierre Pericard et Jimmy Vandel.

Co-organisé par bilille et la plateforme d'imagerie LiiFE, dans le cadre de l’animation scientifique de l’unité Plateformes Lilloises en Biologie et Santé (PLBS) - UAR 2014 - US 41.

Durant cet après-midi 4 orateurs se succéderont afin d’aborder les méthodes et enjeux de l’IA illustrés par des applications en neuroradiologie et en radiothérapie. Acceuil avec café dès 13h à l'amphi D du pôle recherche sur le campus Santé de Lille, retransmission en visioconférence, participation gratuite programme et infos.

Co-organisée par bilille et la plateforme de génomique GO@L, dans le cadre de l’animation scientifique de l’unité Plateformes Lilloises en Biologie et Santé (PLBS) - UAR 2014 - US 41.

Cette journée se déroulera en présentiel sur le campus hospitalo-universitaire de Lille dès 9h, participation gratuite mais inscription obligatoire (date limite pour s’inscrire le 17 Juin).

Plus d'informations et inscription.

Dans le cadre du DU “IA et Santé”, organisé par la faculté de Médecine et le Pr Vincent Sobanski, bilille organise une conférence le 7 avril sur la thématique des "Apports de la bioinformatique en virologie : exemple des coronavirus".

Présentée par Anne Goffard (Médecin Virologue au CHU de Lille, CIIL) et Ségolène Caboche (Bioinformaticienne à l'Université de Lille, PLBS).

Lieu : Amphi A du pôle recherche de la faculté de Médecine de Lille.

Inscription souhaitée (clos).

Première journée scientifique de l'année pour bilille sur le thème de l'apprentissage pour l'intégration de données omiques.

Cette journée se déroulera en présentiel au pôle recherche du campus santé de Lille, participation gratuite mais inscription obligatoire.

Plus d'informations et inscription.

Comme chaque année, la plateforme bilille lance son “appel à projets” afin de recenser auprès des chercheurs en biologie et santé de la métropole les besoins en moyens ingénieurs. Cet appel couvre la période de janvier à décembre 2022. Chaque mission peut durer de 1 à 3 mois, et doit relever du champ thématique de la plateforme: bioanalyse, bioinformatique, biostatistique. Il peut s'agir par exemple de test d'outils, d'analyse de données ou de petits développements informatiques.

Ce mode de fonctionnement nous permet de mettre en place une planification raisonnée des moyens ingénieurs disponibles sur la plateforme, avec une bonne adéquation projets/profils de compétence.

Formulaire à remplir et à nous retourner par mail bilille@univ-lille.fr.

Calendrier

• 1 décembre 2021 : date limite de retour du formulaire (clos)
• 3 décembre 2021 : retour aux porteurs afin de planifier les auditions
• 8 et 9 décembre 2021 au matin : auditions des projets pré-sélectionnés (organisées en visio)
• 13 décembre 2021 : retour final aux porteurs

Pour toute question au sujet de cet appel, n'hésitez pas à nous contacter.

L'appel à projets pour l'année 2022 est clos, cependant vous pouvez contacter bilille via bilille@univ-lille.fr afin de discuter ensemble des possibilités permettant de vous accompagner au mieux dans votre projet en cours d'année.

To address the COVID-19 outbreak, the Institut Français de Bioinformatique (IFB) launches an action to identify the needs in computing and data analysis, and offers bioinformatics and statistics expertise and computing facilities to support the involved teams.

National contact: https://www.france-bioinformatique.fr/action-covid-19

Local contact: bilille@univ-lille.fr

Comme chaque année, bilille propose de faire un point sur ses activités de l'année passée et ses perspectives pour l'année à venir. A cette occasion, nous écouterons également Jacques van Helden, co-directeur de l'Institut Français de Bioinformatique, pour une présentation du projet d'EquipEx+ MuDiS4LS, porté par l'IFB et auquel bilille participe.

La réunion se déroulera en visioconférence via Zoom.

• Document de présentation de bilille
• Document de présentation de MuDiS4LS

Depuis le 1er décembre, Sarah Guinchard a rejoint la plateforme en tant qu'ingénieure d’étude.

Elle réalisera notamment des projets retenus dans le cadre de notre appel annuel.

Bienvenue à elle !

Afin de mieux répondre aux besoins en analyse de données des unités de recherche de la métropole bilille recrute un.e ingénieur.e d’étude en bioinformatique/bioanalyse en CDD pour une durée initiale de 12 mois.

Prise de fonction au plus tôt entre le 15 Octobre 2021 et le 1er Décembre 2021.

Auditions des candidat.e.s terminées. Recrutement clos.

Depuis le 1er janvier 2021, Pierre Pericard (Univ. Lille) et Jimmy Vandel (CNRS) sont co-responsables technique de bilille, Guillemette Marot (Univ. Lille) reste en charge de la direction scientifique.

Pour contacter bilille, une seule adresse bilille@univ-lille.fr

Comme chaque année, la plateforme bilille lance un “appel à projets” pour recenser auprès des chercheurs en biologie et santé de la métropole les besoins en moyens ingénieurs. Cet appel couvre la période janvier-décembre 2021. Chaque mission peut durer de 1 à 3 mois, et doit relever du champ thématique de la plateforme: bioanalyse, bioinformatique, biostatistique. Il peut s'agir par exemple de test d'outils, d'analyse de données, de petits développements informatiques.

Ce mode de fonctionnement nous permet de mettre en place une planification raisonnée des moyens ingénieurs disponibles sur la plateforme, avec une bonne adéquation projets/profils de compétence.

L'appel à projets pour l'année 2021 est clos, cependant vous pouvez contacter bilille via bilille@univ-lille.fr afin de discuter ensemble des possibilités permettant de vous accompagner au mieux dans votre projet en cours d'année.

Dans le cadre des Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM) qui se déroulent cette année du 6 au 9 Juillet, bilille en collaboration avec l'équipe de recherche bonsai propose une retransmission des présentations à destination des participants inscrits à ces journées. Pour vous inscrire à JOBIM et nous rejoindre lors de cette retransmission rendez-vous directement sur le site de JOBIM http://jobim2021.sciencesconf.org/

Les inscriptions pour le cycle 2021 sont closes (date limite: 6 janvier 2021). Toutes les informations

bilille organise régulièrement des moments d’échanges techniques et technologiques autour d’une thématique donnée.

Cette rencontre, ouverte à toutes et tous, portera sur l’utilisation des conteneurs tels que Docker ou Singularity.

Inscriptions closes (un lien Zoom vous sera envoyé la veille de l’évènement).

Comme tous les ans, bilille vous propose un rendez-vous afin de faire un point sur ses activités, ses perspectives et les nouveaux arrivés. Cette année, nous accueillerons également Sophie Crespin, directrice de l' UMS 2014/US 41 Plateformes Lilloises en Biologie et Santé , qui présentera cette nouvelle unité de service que bilille a rejointe au 1er janvier 2020.

La réunion sera en visioconférence, avec Zoom.

Inscription: close (date limite: 10 janvier)

Document de présentation ici

Comme chaque année, la plateforme bilille lance un “appel à projets” pour recenser auprès des chercheurs en biologie et santé de la métropole les besoins en moyens ingénieurs. Cet appel couvre la période janvier-décembre 2021. Chaque mission peut durer de 1 à 3 mois, et doit relever du champ thématique de la plateforme: bioanalyse, bioinformatique, biostatistique. Il peut s'agir par exemple de test d'outils, d'analyse de données, de petits développements informatiques.

Ce mode de fonctionnement nous permet de mettre en place une planification raisonnée des moyens ingénieurs disponibles sur la plateforme, avec une bonne adéquation projets/profils de compétence.

formulaire, à transmettre à bilille@univ-lille.fr

Calendrier

• 27 novembre 2020: date limite d'envoi du formulaire
• 7 et 9 décembre 2020 au matin: auditions des projets pré-sélectionnés (visios)
• 15 décembre 2020: retour aux porteurs

Pour toute question au sujet de cet appel, n'hésitez pas à nous contacter.

Sur le campus Cité Scientifique en partenariat CNRS Formations. Toutes les informations pour s'inscrire

Les modules Variants , Métagénomique , RNA-seq bioinfo et RNA-seq biostats sont reportés à 2021, avec des modalités qui restent à préciser, au cas par cas (présentiel, virtuel ou hybride). Les participants qui auraient des données disponibles dès maintenant peuvent contacter bilille@univ-lille.fr . Un ingénieur de la plateforme pourra les accompagner. Le module chIP-seq est confirmé aux dates du 10 et 11 décembre, et sera éventuellement en virtuel.

Six permanences par mois, sur les trois sites de la plateforme (Cité Scientifique, Campus HU, campus Pasteur): voir le planning

Comme l'année dernière, la plateforme bilille met en place un “appel à projets” pour recenser auprès des chercheurs en biologie et santé de la métropole les besoins en moyens ingénieurs. Cet appel couvre la période février 2020-décembre 2020. Chaque mission peut durer de 1 à 3 mois, et doit relever du champ thématique de la plateforme: bioanalyse, bioinformatique, biostatistique. Il peut s'agir par exemple de test d'outils, d'analyse de données, de petits développements informatiques.

Ce mode de fonctionnement nous permet de mettre en place une planification raisonnée des moyens ingénieurs disponibles sur la plateforme, avec une bonne adéquation projets/profils de compétence.

formulaire, à transmettre à bilille@univ-lille.fr

Calendrier

• 18 décembre 2019 : date limite d'envoi du formulaire
• 13 et 16 janvier 2020 : auditions des projets pré-sélectionnés
• 17 janvier 2020 : retour aux porteurs

Pour toute question au sujet de cet appel, vous pouvez contacter un des membres du bureau de la plateforme.

Analyse de données ADN, analyse de variants, métagénomique, RNA-seq bioinformatique et biostatistique, ChIP-seq

Toutes les informations: sur la page des formations (demandes d'inscription ouvertes jusqu'au 4 décembre)

We have conducted a comprehensive comparative analysis of seven genome browsers: Artemis, Give, IGB, IGV, Jbrowse, Tablet and UCSC genome browser. Read our report (if you think you already know everything, you can try our quiz).

Comme tous les ans, bilille propose un rendez-vous public pour présenter son bilan d'activité, les projets soutenus, les nouvelles formations, les moyens de calcul, le déroulement de l'appel à projets 2020, et toutes les autres actualités de la plateforme: document de présentation

Cette année, nous aurons également le plaisir d'accueillir Claudine Médigue, directrice de l'Institut Français de Bioinformatique, qui viendra présenter les activités de l'IFB ainsi que le réseau européen Elixir.

Ce sera de 10h30 à 12h15, amphithéâtre de l'IBL.

Inscriptions: formulaire

Toutes les informations

Cytoscape est un logiciel de visualisation et d’analyses de réseaux, spécialement adapté aux réseaux biologiques: réseaux d’interaction de protéines, réseaux de régulation, pathways… Cette formation de deux jours a pour but d’initier à l'utilisation de Cytoscape, de la création d’un réseau à ses différentes analyses et visualisations. Voir toutes les informations

All information

La prochaine formation Galaxy se tiendra le 21 mars, à Cité Scientifique: voir toutes les informations

Le réseau ingé organise un atelier de formation à l’outil WAVES le 11 mars 2019 sur le campus Cité Scientifique (salle 226 du bâtiment M3 extension).

WAVES est une application web dédiée à l’intégration d’outils bioinformatiques. Plus d'informations: http://www.atgc-montpellier.fr/waves/trainings.php

Inscription: https://www.france-bioinformatique.fr/fr/evenements/waves-training

Au programme de ce rendez-vous : bilan d'activité de la plateforme, missions et projets. Ce sera également l'occasion de vous présenter en détails l'appel à projets 2019 (voir ci-dessous)

Cette année, nous vous proposons trois dates au choix:

• vendredi 7 décembre, de 13h à 14h sur le Campus CHRU, Pôle recherche de la faculté de médecine, amphi B

• lundi 10 décembre, de 11h à 12h sur le Campus Pasteur, amphi IBL

• jeudi 13 décembre, de 16h à 17h à Cité Scientifique, bâtiment M3 amphi Turing

Inscription: formulaire

Comme l'année dernière, la plateforme bilille met en place un “appel à projets” pour recenser auprès des chercheurs en biologie et santé de la métropole les besoins en moyens ingénieurs. Cet appel couvre la période février 2019-décembre 2019. Chaque mission peut durer de 1 à 3 mois, et doit relever du champ thématique de la plateforme: bioanalyse, bioinformatique, biostatistique. Il peut s'agir par exemple de test d'outils, d'analyse de données, de petits développements informatiques.

Ce mode de fonctionnement nous permet de mettre en place une planification raisonnée des moyens ingénieurs disponibles sur la plateforme, avec une bonne adéquation projets/profils de compétence.

formulaire, à transmettre à bilille@univ-lille.fr

Calendrier

• 20 décembre 2018 : date limite d'envoi du formulaire
• 10 janvier 2019: convocation aux auditions
• 14 et 15 janvier 2019 : auditions des projets pré-sélectionnés

Pour toute question au sujet de cet appel, vous pouvez contacter un des membres du bureau de la plateforme.

Inscriptions: https://www.inscription-facile.com/form/g51ZONkZqY5t72J6gZO4

Programme et inscription

L’Institut Français de Bioinformatique (IFB) ouvre cette année un Diplôme Universitaire en Bioinformatique Intégrative, qui s’adresse à des biologistes en situation professionnelle souhaitant évoluer en compétence ou de se réorienter vers la bioinformatique.

Cette formation est portée par l’Université Paris-Diderot. Elle comprend 4 semaines de cours à partir du 28 janvier et un projet individuel tutoré de 4 semaines réalisé en collaboration avec une plateforme de l'IFB sur un sujet proposé par le candidat. bilille peut vous accueillir pour le projet individuel tutoré et participer aux frais de missions pour la partie cours sur Paris.

Date limite d'inscription: 15 octobre

Pour plus de renseignements: fiche d'information

La plateforme bilille et Inria recherchent un.e ingénieur.e cloud pour un CDD d'une durée de 12 mois. L’objectif général de la mission est de développer et de conforter le service du cloud bilille, en mettant en place des outils pour la simplification et l’optimisation de son utilisation.

Pour plus de renseignements: fiche de poste et modalités de candidature.

Les candidatures doivent être envoyées en parallèle à la DSI de l'Université de Lille, qui héberge et administre le cloud bilille: hpc@univ-lille.fr (sujet: CDD bilille).

Ce nouveau cycle se déroulera d'octobre 2018 à avril 2019. Il est composé de 4 module de 2 jours, et est ouvert à inscriptions jusqu'au 19 juillet. Programme et modalités d'inscription

Programme et inscription: c'est ici

Une journée pour découvrir et apprendre à utiliser le logiciel Jalview pour la construction et la visualisation d'alignements multiples, de phylogénies et de structures : toutes les informations

La prochaine session d'initiation à Galaxy se tiendra le 20 février prochain sur le campus Cité Scientifique: toutes les informations (date limite 13 février). Cette session est un pré-requis au cycle Analyse de données de séquençage à haut-débit qui démarrera en mars 2018 (voir ci-dessous).

Ce cycle de formation couvre l'analyse de données de séquençage ADN, ARN, la recherche de variants et la métagénomique. Toutes les informations avec le programme détaillé et les modalités d'inscription sont ici.

Comme l'année dernière, la plateforme bilille met en place un “appel à projets” pour recenser auprès des chercheurs en biologie et santé de la métropole les besoins en moyens ingénieurs. Cet appel couvre la période février 2018-décembre 2018. Chaque mission peut durer de 1 à 3 mois, et doit relever du champ thématique de la plateforme: bioanalyse, bioinformatique, biostatistique. Il peut s'agir par exemple de test d'outils, d'analyse de données, de petits développements informatiques.

Ce mode de fonctionnement nous permet de mettre en place une planification raisonnée des moyens ingénieurs disponibles sur la plateforme, avec une bonne adéquation projets/profils de compétence.

formulaire, à transmettre à bilille@univ-lille.fr

Calendrier

• 9 décembre 2017 : date limite de réponse au formulaire de l'appel à projets
• 9 et 10 janvier 2018 : auditions des projets pré-sélectionnés

Pour toute question au sujet de cet appel, vous pouvez contacter un des membres du bureau de la plateforme.

Comment visualiser, manipuler des réseaux et mener des analyses à partir de ces données ? C'est le thème de cette deuxième journée scientifique organisée par bilille en 2017 et ce sera à l'IBL: plus d'informations.

Ce nouveau cycle couvre la période octobre 2017-mai 2018 avec quatre modules: Banques de données et BLAST, Alignement de séquences, Prédiction de gènes et annotation de protéines, Initiation à la reconstruction phylogénétique en biologie moléculaire. Voir toutes les informations.

Les inscriptions sont closes. De nouvelles dates ont été proposées aux doctorants par leur ED.

Une journée pour faire le tour des dernières avancées en bioinformatique et en biostatique dans le cadre de l'annotation de génomes et de gènes. Voir toutes les informations.

Ce cycle comprend 5 modules: Analyse de données de séquençage ADN, RNA-seq, ChIP-seq, analyse de variants, métagénomique. Voir toutes les informations.

bilille met à disposition de la communauté un cloud pour le calcul intensif, spécifiquement dimensionné pour l'analyse de données biologiques. L'objet de ces trois présentations découvertes est de vous présenter ce service, ainsi que les autres ressources, régionales ou nationales, disponibles pour la recherche académique: inscriptions et programme.

Le CRI de l'Université Lille 1 propose cet hiver trois formations dans le but d'acquérir des compétences en utilisation de base de Linux, du cloud HPC et du cluster HPC de l'Université. Les dates sont:

• Initiation à Linux : jeudi 19 janvier 2017 (journée entière)
• Formation Cloud HPC : jeudi 26 janvier 2017 (après-midi)
• Formation Cluster HPC : jeudi 2 février 2017 (après-midi)

Ces formations sont accessibles à tout scientifique académique de la région, qu'il soit informaticien ou non. Une connaissance de base de Linux, notamment de la ligne de commande, est nécessaire pour suivre les formations cloud et/ou cluster. Donc au besoin, il vous faudra suivre l'initiation à Linux avant l'une de ces deux formations.

Comme l'année dernière, bilille lance un appel à projets pour offrir du temps ingénieur en bioinformatique aux laboratoires et équipes de recherche de la métropole en biologie et santé. Cet appel couvre la période février 2017-décembre 2017. Chaque mission pourra durer quelques semaines.

Déposer une demande: formulaire

Calendrier

• 5 décembre 2016: date limite de soumission d'une demande
• 20 décembre 2016: pré-sélection des projets pour auditions
• 18 et 20 janvier 2017 au matin: auditions des projets pré-sélectionnés
• 26 janvier 2017: communication des résultats aux porteurs de projets

Si vous avez la moindre question concernant cet appel, n'hésitez pas à contacter un membre du bureau de bilille.

[ voir les projets acceptés en 2016 ]

Une journée pour mieux connaître la biologie des systèmes: inscriptions et programme, Polytech'Lille, Villeneuve d'Ascq

3 sessions d'une journée chacune pour se former aux fonctionnalités courantes de Galaxy: inscriptions et programme.

Nous vous invitons à la première édition de bilille & vous.

Le but de cette rencontre est de vous présenter les activités et les services de la plateforme, et de pouvoir échanger avec vous sur vos attentes.

Nous aurons également le plaisir d'accueillir Nicolas Servant de la plateforme de bioinformatique de l'Institut Curie (www) et Christophe Malabat du HUB Bioinformatique et Biostatistique de l'Institut Pasteur (www), qui expliqueront les missions et le mode de fonctionnement de leur plateforme.

Où et quand: 14 octobre, de 10h00 à 12h00, dans l'Amphithéâtre de l'IBL (métro Lille Grand Palais, accès). La rencontre se poursuivra par un cocktail, afin de continuer la discussion autour d'un verre.

Inscription: formulaire (gratuit mais obligatoire, date limite 3 octobre)

Venez nombreux !

Voir les profils et modalités de candidature. Date limite de candidature: 30 juin

Amphithéâtre Buttiau, Institut Pasteur de Lille: programme et inscription

Galaxy est un plate-forme d'analyse de données biologiques facile d'utilisation et conviviale, qui est devenue une référence pour l'analyse de données de séquençage.

Trois dates sont proposées pour des mini-présentations découverte de Galaxy:

• mardi 14 juin à 14h, Université Lille 1, laboratoire CRIStAL, bâtiment M3 extension, salle 226 (métro Cité Scientifique, accès)
• jeudi 16 juin à 11h, Pôle recherche faculté de médecine, sous-sol, salle 4 (métro Oscar Lambert, accès)
• lundi 20 juin à 14h, Campus Pasteur, bâtiment Emile Roux, salle Tilleul (métro Lille Grand Palais, accès)

Pour vous inscrire: formulaire

bilille propose un cycle de formations (4 modules de 2 jours) de découverte de la
bioinformatique:en savoir plus

11h, Institut de Biologie de Lille, proposé par le réseau ingés

Voir la liste des projets acceptés.

14h, salle du conseil de l'Institut de Biologie de Lille (en savoir plus)

35 demandes ont été reçues. La sélection est en cours, avec les auditions.

Formulaire en ligne

Calendrier

• 12 mars 2016 : date limite de réponse au formulaire de l'appel à projets
• 30 mars 2016 : audition pour les projets pré-sélectionnés
• 2 avril 2016 : réponse aux candidats

Si vous avez des questions concernant cet appel, si souhaitez être accompagné(e)
dans le montage, vous pouvez vous adresser à l'un des membres du bureau
de la plateforme.

Guillemette Marot devient la nouvelle responsable, avec Hélène Touzet et Pascal Touzet
comme responsables adjoints. billile se dote également d'un nouveau bureau.

Merci à Maude Pupin pour le travail réalisé qui a permis de mettre bilille sur
les rails !